I visse isolerede populationer, fx på små øer, i afsides liggende bygder, inden for lukkede religiøse grupper eller i kongelige kredse, vil der ofte ske det, at man gifter sig med slægtninge, halvsøskende, fætre, kusiner, onkler o.lign.

Denne type ægteskaber finder også sted i almindelige samfund – og gjorde det måske i endnu højere grad i tidligere tider – men uden helt de samme konsekvenser.

Hvis man opdager, at man i sit slægtstræ har flere indgiftede personer (anesammenfald) i den samme gren af slægten, skal man blot være opmærksom på, at et evt. DNA match godt kan ligge 1-2 generationer længere tilbage, end det ellers efter størrelsen at dømme burde gøre. Det skyldes, at DNA sammenfaldet bliver større, når det bliver forstærket gennem anesammenfaldet.

Arbejder man med slægt inden for fx Amishfolket, grønlændere fra de små bygder eller islændingere er situationen en helt anden.

Det ses meget tydeligt, når man laver en autogruppering af sine match:

Figur 1 Udsnit af normalt autocluster                        Figur 2 Udsnit af endogamt autocluster

Figur 1 viser et normalt autocluster, hvor ens match opdeles i grupper, der indbyrdes har fælles træk.

I figur 2 er der blot ét stort cluster, hvor alle match deler næsten alt DNA med alle de andre.

Er det så muligt på en måde at finde frem til den manglende far? I teorien burde det kunne lade sig gøre – medmindre forældrene selv er nært beslægtede.

“Almindelige” match kan man ikke rigtigt bruge til noget. Hvis “alle er i familie med alle”, vil man have mange forholdsvis store match blandt mange i befolkningen. Men man bør have endnu større matches med ens forholdsvis nære slægtninge, også på farens side. Det gælder både samlet cM, der vil være højere end ellers forventet ved et givent nært slægtskab (da man sikkert også er i familie på flere andre måder), men især i forhold til største segment, da der ikke vil have været mange generationer til at bryde det ned i småbidder. Det kræver imidlertid, at forholdsvis nære slægtninge på farens side har testet sig.